كشف تقرير رسمي لوزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية عن 6 تحديات مهمة تواجه القطاع غير الربحي، هي كما يلي:
- قلة الكفاءات والقدرات البشرية من خلال محدودية جاذبية القطاع غير الربحي للكوادر المؤهلة وانعدام المحفزات والمؤهلات الوظيفية والتي أدت إلى نقص الكوادر البشرية، وتسربها، وضعف الإدارة الاستراتيجية والمالية.
- شح البيانات والمعلومات المتوفرة من وإلى القطاع وعدم وجود مصدر واضح للمعلومات يحاكي عمل المنظمات غير الربحية
- محدودية الاستخدام الفعال للتقنية الحديثة والتي تأثر في فعالية الأداء وكفاءته
- محدودية الموارد وفرص التمويل والاعتمادية العظمى على مصادر التمويل الخارجية التي تحد من فرص المنظمة في وضع استراتيجيتها وخططها طويلة الأجل لنموها واستدامتها
- عدم اكتمال البيئة التشريعية الممكنة لعمل القطاع غير الربحي والسياسات الحاكمة لأدواره وممارساته، وضعف المحفزات المقدمة لتأسيس المنظمات