أصبح التوقيع الرقمي الآن أكثر شيوعًا، وهو يختلف عن التوقيع الإلكتروني، فالتوقيع الرقمي ليس رموز بسيطة او توقيع بالقلم الإلكتروني أو نسخة من التوقيع الخطي الشخصي، وجميعها تندرج ضمن مسميات التوقيع الإلكتروني. إذا فالتوقيع الرقمي هو بيانات رقمية فريدة لشخص حقيقي أو اعتباري، تستخدم لتمييز هوية المُوقٍع وموافقته على المحتوى المرفق. ويعتبر تقنية أكثر أمانًا تُستخدم للتحقق من صحة وسلامة أي رسالة أو مستند إلكتروني، ويضمن التوقيع الرقمي مصداقية المستند أو الرسالة الإلكترونية في الاتصالات الرقمية ويستخدم تقنيات التشفير لتقديم دليل على الوثائق الأصلية وغير المعدلة. فهو يتم إلكترونيًا على مستندات بتنسيق إلكتروني، أي يستند على أنواع معينة من التشفير لضمان المصادقة. فالتشفير هو عملية ترميز المعلومات عند انتقالها من جهاز حاسب إلى جهاز آخر، حيث يستطيع الجهاز الثاني فك التشفير والمصادقة وهذا يساعد على انتاج التوقيعات الرقمية.
وقد تم تعريف التوقيع الرقمي من قبل نظام IDAS التابع للاتحاد الأوروبي بأنه: "البيانات الموجودة في شكل إلكتروني والتي يتم إرفاقها أو ربطها منطقيًا ببيانات أخرى في شكل إلكتروني والتي يستخدمها الموقّع للتوقيع"، بمعنى أن التوقيع الرقمي هو ضمان أن الوثيقة الإلكترونية التي تصل لنا أو نتداولها أصلية ولم تتعرض لأي تغيير أو تحريف او تزوير. ويمكن القول إن جميع التوقيعات الرقمية هي توقيعات إلكترونية، ولكن ليست كل التوقيعات الإلكترونية هي توقيعات رقمية؛ وذلك من حيث كيفية إنشائها، والتكنولوجيا المستخدمة، والأمان المقدم، وقانونها. ويمكن أن ندرج بعض الاختلافات بين التوقيع الرقمي والإلكتروني من خلال النقاط التالية:
* توقيع المستندات باستخدام التوقيع الرقمي، يحتاج إلى امتلاك شهادة توقيع رقمي صادرة عن المراجع المصدقة، مثل المركز الوطني للتصديق الرقمي بالسعودية. أما التوقيع الإلكتروني فهو تعبير إلكتروني للشخص عن موافقته على مستند معين ولا تحتاج إلى شهادات رقمية.
* التوقيع الرقمي أكثر أمانًا. بينما التوقيع الإلكتروني رغم سهولة الاستخدام لكنه ليس آمناً.
*التوقيع الرقمي مقبول في معظم البلدان وهو ملزم قانونًا في المحكمة. وفي المقابل لا يتم قبول التوقيع الإلكتروني في المحاكم.
*يتبع التوقيع الرقمي بروتوكولًا قياسيًا عالميًا يسمى) PKI البنية التحتية للمفتاح العام) الذي ينشئ مفتاحين أحدهما عام والآخر خاص فيستخدم خوارزميات تشفير ولا يمكن نسخه، بعكس التوقيع الإلكتروني الذي يمكن تكراره.
* التوقيع الرقمي أكثر كفاءة ومخفض للتكاليف ومناسب للعمل الرقمي.